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記事更新日: 2025/03/10
毎年発生する年末調整の作業、申請書の作成や回収、税額の計算に時間を取られていませんか？
年末調整システムを導入すれば、書類のやり取りの電子化、計算や転記ミスを防ぎ業務の効率化が叶います。
従業員もスマホやPCで簡単に申請書を作成できるため、従業員・担当者双方の負担が軽減できます。
本記事では、おすすめの年末調整システムを比較一覧で紹介、タイプ別の特徴や選び方、国税庁の無料ソフトとの違いもわかりやすく解説するので、ぜひ参考にしてください！
おすすめサービスの比較を無料で！
このページの目次
年末調整システムとは、年末調整における担当者および申請者（従業員）の作業負担を軽減し、電子申告を円滑に行うためのシステムです。
＜年末調整システムの主な機能＞
申告書の作成・回収、提出状況管理、過不足税額の自動計算、源泉徴収票や法定調書の作成
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年末調整システムは、給与計算担当者にも申請者（従業員）にもメリットがあります。
担当者のメリット
申告者のメリット
年末調整手続きの電子化推進を目的として、国税庁から無料で利用できる「年末調整控除申告書作成用ソフトウェア（年調ソフト）」が提供されています。
民間の年末調整システムとの違いを比較してみましょう。
| 年調ソフト | 年末調整システム | |
| 対象 | 申請者 | 担当者、申請者 |
| できること | 申告書の電子データ作成 （控除金額の入力や計算を自動化） |
申告書の電子データ作成 一括メール送信 回収状況の進捗管理 税額の自動計算など |
| 必要な環境 | アプリをインストールした端末 | （クラウドシステムの場合） インターネットが使える環境 |
「年調ソフト」を導入することで、控除証明書も電子データでの管理となり、管理工数の削減も叶うので、従業員の少ない事業所では利用価値があるでしょう。
従業員の数が多く、担当者・申請者双方の負担を軽減したいのであれば、これから紹介する民間の年末調整システムの導入がおすすめです。
年末調整システムは大きく分けて2つのタイプがあるので、自社のニーズによって選びしましょう。
本記事で紹介する年末調整システムを、価格や機能で比較するので参考にしてください。
| ツール名 | タイプ | 費用 | アンケート* | メール一括送信 | アウトソーシングサービス |
|---|---|---|---|---|---|
オフィスステーション 年末調整
|
年末調整特化
|
年額：10,000円～
|
⭕️
|
⭕️
|
⭕️
|
マネーフォワード クラウド年末調整
|
年末調整特化
|
年額：35,760円～
|
⭕️
|
⭕️
|
❌
|
ジョブカン労務HR
|
労務ソフト
|
年額(換算)：24,000円～
|
⭕️
|
要問合せ
|
⭕️
|
S-PAYCIAL with 電子年調申告
|
年末調整特化
|
要問合せ
|
要問合せ
|
要問合せ
|
⭕️
|
年調ヘルパー
|
年末調整特化
|
年額(換算)：300円/人～
|
⭕️
|
要問合せ
|
❌
|
年末調整Web申告
|
年末調整特化
|
年額：250,000円
|
⭕️
|
⭕️
|
⭕️
|
（税抜）
*アンケート…一問一答形式のアンケートに回答するだけで、簡単に申請書が作成できる機能
画像出典元：「オフィスステーション年末調整」公式HP
「オフィスステーション 年末調整」は、業界最低水準の費用で利用できる年末調整システムです。
オフィスステーションシリーズは、労務・給与明細・有休管理・マイナンバーなど、必要に応じて機能を拡張できる点も魅力です。
前年と比較して変更があった場合には、差分データが自動表示されるため、担当者は効率的にチェック作業を進められます。
| 費用 | 初期費用：110,000円（税込） 年額費用：550円（税込）/人 |
| 無料トライアル | 30日間 |
| マルチデバイス対応 | PC・タブレット・スマホ端末 |
| 外部連携 | さまざまな給与システムとAPIやCSVで連携可能 |
| セキュリティ | 金融機関並みの高セキュリティ 24時間365日の監視体制 |
| 導入社数 | 45,000社超 |
初期費用：110,000円（税込）
年額費用：従業員1名あたり550円*（税込）
*従業員が5,000人超え：さらに割引あり
*従業員数が20名以下：一律11,000円（税込）
画像出典元：「マネーフォワード クラウド年末調整」公式HP
「マネーフォワード クラウド年末調整」は、年税額の計算機能があるため、既存の給与計算ソフトはそのままに年末調整部分だけのクラウド化も叶います。
わかりにくい項目に文言解説を追加できたり、申告内容の帳票形式での確認、申告画面の英語表記など、従業員向けの機能も充実しています。
| 費用 | 初期費用：要問合せ 月額費用：2,980円～ |
| 無料トライアル | あり |
| マルチデバイス対応 | PC・タブレット・スマホ端末 |
| 外部連携 | 他の人事労務ソフトとの連携も可能 |
| セキュリティ | 暗号化・サーバーアクセス制限・サーバー自動監視など |
| 導入社数 | 要問合せ |
料金プランは、基本料金＋従来課金＋その他のオプションとなります。
| スモールビジネス （小規模事業法人向け） |
ビジネス （中小企業法人向け） |
|
| 基本料金 | 年額プラン：2,980円/月 月額プラン：3,980円/月 |
年額プラン：4,980円/月 月額プラン：5,980円/月 |
| 従来課金：100円/人（6名以上） |
||
（税別）
画像出典元：「ジョブカン労務HR」公式HP
ジョブカンシリーズでは、「ジョブカン労務HR」または「ジョブカン給与計算」のいずれかを契約すると追加料金なしで年末調整機能が利用できます。
年末調整はクリックするだけで必要な書類を自動作成でき、クラウド上でまとめて管理できます。
無料お試し期間からサポートが充実しており、導入時の初期設定サポート(有料)もあります。
| 費用 | 初期費用：0円 月額費用：400円/ 人 |
| 無料トライアル | 30日間 |
| マルチデバイス対応 | PC・タブレット・スマホ端末 |
| 外部連携 | 他社の給与計算システムとCSV連携 |
| セキュリティ | シングルサインオン・不正ログイン防止 |
| 導入社数 | シリーズ累計25万社 |
※月額最低利用料金は2,000円（税抜）
※500名を超える大規模企業での利用は、別途見積もりを依頼
通信
51人〜100人
1人の残業時間が月間20時間も減少
年末調整の時期は、人事部の社員たちの残業時間がひとりあたり月間50時間にのぼっていたのが、このサービスを利用してから月間30時間に減少しました。ペーパーレス化することで、人事部社員の負担が大幅に軽減されます。
IT
251人〜500人
書類のアップロードが５分以内で終わった
保険料の控除証明書など紙の書類をアップロードする際、小さな文字や表が切れることなく数分でアップロードできました。年末調整の記入依頼を一括送信する際、50人以上に一斉送信すると2割ほどメールが正しく送信されないことがあり不便さを感じました。
画像出典元：「S-PAYCIAL with 電子年調申告」公式HP
「S-PAYCIAL with 電子年調申告」は、パソコンやスマートフォンを利用して年末調整の申告ができるサービスです。
最新の法改正や英語表記にも対応しており、シリーズで給与明細システム・人事申告システムも提供されています。
| 費用 | 要問合せ |
| 無料トライアル | 要問合せ |
| マルチデバイス対応 | PC・タブレット・スマホ端末 |
| 外部連携 | あらゆる給与システムと連携可能 |
| セキュリティ | 要問合せ |
| 導入社数 | 3,700社以上 |
画像出典元：「年調ヘルパー」公式HP
「年調ヘルパー」は、社員1名につき330円/年という低価格で利用できるため、コストをかけずに年末調整業務の負担を軽減させたい企業におすすめです。
指定されたURLにIDとパスワードでログインして確認する閲覧配信方式のため、メールアドレスのない従業員でも利用可能。
ガイドやヘルプ機能が充実しているため、社内の問い合わせ対応の負担も軽減できます。
| 費用 | 初期費用：55,000円（税込） 年額費用：330円（税込）/ 人 |
| 無料トライアル | デモあり |
| マルチデバイス対応 | PC・タブレット・スマホ端末 |
| 外部連携 | 給与奉行・PCA給与とは一部API連携可能 （その他の給与システムとはCSV連携） |
| セキュリティ | IPアドレスからのアクセス制御 |
| 導入社数 | 要問合せ |
画像出典元：「年末調整Web申告」公式HP
「年末調整Web申告」は、50年以上に渡り人事・給与ソリューションを提供してきた「さくら情報システム」が運営する年末調整システムです。
おもに従業員500名以上の企業が対象で、管理者向けFAQサイト・ヘルプデスク窓口などのサポート体制も充実、約40％の業務削減率が期待できるとされています。
| 費用 | 初期費用：200,000円（税別） 年額費用*：500円（税別）/ 人 |
| 無料トライアル | デモあり |
| マルチデバイス対応 | PC・タブレット・スマホ端末 |
| 外部連携 | 給与システムとのCSV連携 |
| セキュリティ | 公的機関による認定取得済 オプションあり（IPアクセス制御・シングルサインオン） |
| 導入社数 | 累計600社 |
*利用人数が500名に満たない場合、最低利用料が年額250,000円発生
小売
1001人以上
誰でも簡単に利用できる
従業員数の増加に伴い、本部スタッフの工数削減のため導入。入力画面が見やすく、操作もシンプルで、慣れてない人でも使いやすい仕様になっている。従業員の中にはパソコンが苦手な方もいるが、問題なく使えている。
不動産/建設/設備
51人〜100人
一度入力したデータは翌年もコピーして使える
一度入力したデータはコピーして使えるので、翌年以降は手間が減るのがメリット。税金や社会保険料の知識が無い人にとって分かりづらく、作成するのに時間がかかる。会社全体で導入するには、全社員を対象にフォローが必要となる。
「SmartHR」は、人事・労務担当者も従業員も迷わず使え、ミスなく作業できる操作性が魅力。
スマホアプリのプッシュ通知で依頼を知らせることができ、依頼～回答収集までのリードタイムを短縮できます。
従業員向けのサポートコンテンツも充実しており、従業員数が多い企業・多拠点展開している企業に特におすすめです。
| 費用 | 初期費用：0円 月額費用：要問合せ |
| 無料トライアル | 15日間 |
| マルチデバイス対応 | PC・タブレット・スマホ端末（アプリあり） |
| 外部連携 | 120以上 |
| セキュリティ | ISO/IEC27001の取得・暗号化・不正アクセス制限など |
| 導入社数 | 60,000社以上 |
※詳細は、資料をダウンロードのうえお問い合わせください。
メーカー/製造
1001人以上
専門職
年末調整の手続きがとても簡単になった
初心者でも使いやすいインターフェイス設計がされている。年末調整は質問に答えるだけで必要なものがわかり、それを添付するだけで終了できる。特別な説明などは必要なく、従業員が多くても簡単に対応できる。
医療
1001人以上
文字が多く、説明がややこしい
入力した内容をリアルタイムで現場と本部で共有できる。年末調整の書類は、紙面であれば該当項目のみ記入すれば良いが、スマートHRでは質問が多く、高齢の方にはわかりにくい。入力作業を手伝う必要があり、結果的に通常よりも時間がかかってしまった。
画像出典元：「Welcome HR」公式HP
「Welcome HR」は、多店舗経営の企業に特におすすめのクラウド人事労務ソフトです。
誰でも操作可能な簡単シンプルな設計で、店舗責任者も携帯で運用できるので負担が軽減できます。
運用にあたって専属の担当者が徹底サポートし、既存の基幹システムに合わせて柔軟にカスタマイズできる点も魅力。
| 費用 | 要問合せ |
| 無料トライアル | 要問合せ |
| マルチデバイス対応 | PC・タブレット・スマホ端末 |
| 外部連携 | 給与計算ソフト |
| セキュリティ | 要問合せ |
| 導入社数 | 1,500社以上 |
Welcome HRの料金プランは「初期費用＋月額費用＋オプション費用」のシンプルなプランです。
労務管理、給与明細、年末調整、社会保険など、必要な機能のみ選んで利用できます。
利用料金など詳細は、資料をダウンロードのうえ、お問い合わせください。
画像出典元：「freee人事労務」公式HP
「freee人事労務」は、クラウド会計サービスで知名度の高いfreeeが提供する労務管理サービス。
勤怠管理・給与計算・年末調整・従業員情報の変更など、一気通貫でまるごとIT化・ペーパーレス化が叶います。
導入アドバイス・サポートデスク・全機能を網羅したWebマニュアルや習熟用の解説セミナーまで、サポートが充実しているので安心して利用できます。
| 費用 | 初期費用：0円 月額費用：2,000円（税別）～ |
| 無料トライアル | あり |
| マルチデバイス対応 | PC・タブレット・スマホ端末 |
| 外部連携 | 様々なサービスと連携可能 |
| セキュリティ | 暗号化・AWSでのデータ保管・国際認証 TRUSTe 取得 |
| 導入社数 | 要問合せ |
| ミニマム | スターター | スタンダード | アドバンス | |
| 月額費用 (年払い・最小5名分料金) |
2,000円 | 3,000円 | 4,000円 | 5,500円 |
| 従業員料金 (6名以降〜) |
400円/人 | 600円/人 | 800円/人 | 1,100円/人 |
（税抜）
年額400円/IDで始められる年末調整だけのプランもあるので、詳しくは問い合わせが必要です。
金融/保険
51人〜100人
専門的知識に不安があってもヘルプが充実している
ベンチャー企業で予算もかけられず、専門的知識の薄いバックオフィススタッフしかいなくても、年末調整や各行政への提出書類なども安易に作成・提出することが可能。問い合わせ体制やヘルプページも充実しているため、悩むこともなく作業を完了できる。
サービス/外食/レジャー
11人〜30人
携帯アプリで操作できる項目が少なすぎる
携帯アプリで操作できる項目が少なすぎる。携帯でブラウザを開くと、画面が小さ過ぎて作業しづらい。老眼のはじまった世代には厳しい。年末調整のための住宅ローンの記載方法の解説がわかりにくい。
「ジンジャー給与」は、導入実績18,000社を誇る「ジンジャー」シリーズのクラウド型給与計算システムで、人事管理・勤怠管理・労務管理などのシリーズ製品と簡単に連携できます。
給与体系に合わせて柔軟に計算式を設定でき、毎月の給与計算はもちろん、年末調整の自動計算も可能です。
法定調書合計表を作成するのに必要な源泉徴収合計表のデータも、書類に転記できる形でCSVファイルとして出力でき、業務効率化に貢献します。
| 費用 | 初期費用：要問合せ 月額費用：500円～ |
| 無料トライアル | 1ヶ月 |
| マルチデバイス対応 | PC・タブレット・スマホ端末 |
| 外部連携 | ジンジャーAPIあり |
| セキュリティ | 暗号化・IPアドレス制限・権限設定など |
| 導入社数 | シリーズ累計18,000社超え |
月額料金は500円、ユーザーごとの従量課金制です。
登録ユーザーが1,000名を超える場合、別途見積もりをしてもらえます。
画像出典元：「給与奉行クラウド」公式HP
「給与奉行クラウド」は、給与計算から社会保険・年末調整までの給与計算業務を一括してデジタル化できるシステムです。
高度なセキュリティ対策によりデータの保護も万全で、アクセス権限の管理やログ監視機能で不正アクセスを防止、法令遵守を確実にし、企業のリスク管理を強化します。
サポート体制も万全なので、知識がなくても安心して利用できます。
| 費用 | 初期費用：0円～ 年額費用：66,000円〜（税表記無し） |
| 無料トライアル | 30日間 |
| マルチデバイス対応 | PC・タブレット・スマホ端末 |
| 外部連携 | 様々な他社サービスと連携可能 |
| セキュリティ | 暗号化・24時間365日の運用監視・Microsoft Azure管理など |
| 導入社数 | 累計導入数80万（ユーザー） |
外食
51人〜100人
給与計算や経理に一定の知識があればおすすめ
初期設定を完璧に近く行い、アップデートをしっかり行っていれば、給与計算と有給休暇の管理はこれだけで完結します。年末調整も楽に処理できるので、一定以上の知識がある方には便利。給与計算や経理に慣れていない方にはとっつくにくいため、逆に非効率でしょう。
サービス
1001人以上
中小企業にはお勧めできない
給与奉行も人事奉行もコンテンツが豊富で実現できることが多いが、活用しきれない会社も多いと思う。ハイスペックゆえに高額で、ニーズと価格が見合わなくなる。一昔前に大手向けにつくられたシステムという印象で、中小企業が利用するには料金も重たい。
画像出典元：「弥生給与」公式HP
「弥生給与」は、部門管理や賞与・昇給の算定が行えるインストール型のソフトで、100名までの事業所で部門管理が必要な場合におすすめです。
法令への対応は、最新製品の発売開始月の月初時点における法令までは標準機能として搭載、以降に公布された法令等については、あんしん保守サポートでの対応となります。
給与計算・年末調整をペーパーレス化するなら、クラウド給与ソフト「弥生給与 Next」の利用がおすすめです。
| 費用 | 販売価格：88,000円～ |
| 無料トライアル | 30日間 |
| マルチデバイス対応 | インストールした端末のみ |
| 外部連携 | ー（インストール型のため） |
| セキュリティ | ー（インストール型のため） |
| 導入社数 | 要問合せ |
| セルフプラン | ベーシックプラン | トータルプラン | |
| 販売価格 | 88,000円 | 88,000円 | 131,125円 |
| あんしん保守サポート 初年度価格 |
0円 | 43,125円 | |
| あんしん保守サポート 通常価格 |
年間 47,720円 | 年間 67,750円 | 年間 86,250円 |
（税別）
年末調整システムを導入しても、申告データのチェック・書類の提出状況の管理・問い合わせ対応は必要となります。
業務負担をさらに軽減するなら、年末調整のアウトソーシングを検討しましょう。
画像出典元：「簡単年調」公式HP
「簡単年調」では、年末調整に関わる業務をアウトソーシングできます。
申請者は証明書写真をアップロード・確認作業だけで申告が完了、内容の確認や訂正依頼・進捗管理もアウトソーサーに委託できるため、担当者が管理業務を行う必要がありません。
ただし、導入には3ヵ月から半年ほど時間がかかるため、利用する場合は、早めに検討しましょう。
| 費用 | 要問合せ |
| 無料トライアル | 要問合せ |
| マルチデバイス対応 | PC・タブレット・スマホ端末 |
| 外部連携 | 要問合せ |
| セキュリティ | 要問合せ |
| 導入社数 | 1,300社 |
＜金額例＞ 処理人数：300人
| 総額費用 442,000円（税表記無し） | ||
| 初期費用：100,000円 | 基本料：90,000円 | 処理料金（1人当たり840円）： 252,000円 |
詳細については、以下の無料資料をダウンロードしてご確認ください。
簡単年調 含む年末調整システムの資料を一括DL
画像出典元：「PROSRV on Cloud」公式HP
「PROSRV on Cloud」は、三菱総研DCS株式会社が提供する人事給与システムおよびアウトソーシングサービスです。
年末調整だけでなく、地方税年度更新業務・毎月の給与業務・従業員からの問い合わせ対応まで、委託できる業務は多岐にわたります。
人事給与システム「PROSRV」の導入とアウトソーシングがセットで提供されているため、人事給与システムのリプレイスやクラウド化を検討している、人事給与・労務に関わる日々の業務をアウトソースしたい企業におすすめです。
| 費用 | 要問合せ |
| 無料トライアル | なし |
| マルチデバイス対応 | PC・タブレット・スマホ端末 |
| 外部連携 | 要問合せ |
| セキュリティ | 要問合せ |
| 導入社数 | 約2,000社 |
サービスの詳細については、以下の資料を無料ダウンロードしてご確認ください。
年末調整システムの選定では、従業員が誰でも問題無く操作できるかどうかを確認しましょう。
記入方法を見ながら紙の申請書に記入する手間を省けるのがシステムの魅力ですが、ITリテラシーが高くない従業員にとっては、入力作業に抵抗を感じる人もいるでしょう。
一問一答のアンケートに回答するだけで申告書が自動で生成される機能や、過去データを参照して入力できる機能などがあると、入力の負担・ミスともに大幅に減らせるでしょう。
年末調整システムを導入する際には、申請書の提出状況管理がスムーズにできるかも重要です。
など、製品によって管理を効率化するさまざまな機能が提供されているので、よく確認しましょう。
年末調整システムを選ぶ際には、既存のシステムと連携できるかどうかも確認しましょう。
給与システム・労務システムなどと連携できるとデータ入力の手間が省けます。
CSVデータに対応しているシステムは多いですが、API連携できるとデータのやり取りを自動化できるのでさらに便利です。
今まで書類で行っていた年末調整の業務を電子化するには、従業員への周知や教育が重要です。
年末調整は、控除証明書などの必要書類の準備や入力情報の確認に時間を要するので、可能なかぎり余裕をもって事前に周知しましょう。
導入前にデモを使用して操作性を確認する、サポートが充実しているサービスを選定する、社内マニュアルの作成など、システム導入後に起きる混乱を回避するための対策を整えておきましょう。
年末調整システムは、年末調整の業務を効率化し、担当者と申請者の作業負荷を軽減します。
年末調整システムを導入していない場合、書類の不備の確認・記入ミスや回収のための個別対応・法改正への対応など、多くの時間が必要となります。
毎年必ず発生する業務であり、国税庁からも年末調整の電子化に向けた取組が推進されているので、早い段階でのシステム導入を検討しましょう。
年末調整だけに利用するなら年末調整特化型、日々の労務・給与データも一括管理するなら労務管理システムや給与計算ソフト搭載型を選択しましょう。
料金体系の面では、大規模企業におすすめなのは、年額費用が固定されている製品、中小規模の企業は人数によって料金が変動する製品のほうが導入コストを抑えられます。
年末調整システムの検討には、今回比較紹介したシステムをぜひチェックしてみてください。
画像出典元：O-dan
