TOP > SaaS > 人事 > 労働状況管理 > 中小企業向け勤怠管理システム
TOP > SaaS > 人事 > 労働状況管理 > 中小企業向け勤怠管理システム
記事更新日: 2025/06/19
中小企業ではExcelやタイムカードによる出退勤管理をしていたり、人事・労務担当者が少ないまたは兼任しているケースも多く、休暇・残業申請の承認業務や法改正への対応に手間がかかってしまう場合が多いです。
勤怠管理システムを使えば自動で従業員の勤怠状況を管理でき、休暇・残業の申請に関する承認フローも1つのシステム内で完結するだけでなく、面倒な法改正への対応も自動アップデートで簡単にできます。
とはいえ、決して安価ではない勤怠管理システム。コストが気になるという企業ではなかなか導入まで踏み出せないですよね。
この記事では、特に中小企業におすすめのコスパの良い勤怠管理システム14選や選び方のポイント、メリット・デメリット、併用すると便利な給与計算システムを紹介していきます。
おすすめサービスの比較を無料で！
このページの目次
| 無料プラン | 月額費用 | 機能の選択 | 特徴 | |
|---|---|---|---|---|
ジョブカン勤怠管理
|
30日間
|
200円/1ユーザー
|
⭕️
|
シリーズ累計導入実績15万社
|
CLOUZA
|
30日間 5名まで
|
200円/1ユーザー
|
❌
|
移動型と設置型を選べる
|
マネーフォワード クラウド勤怠
|
1ヶ月
|
300円/1ユーザー
|
❌
|
充実したサポート体制
|
HRMOS勤怠
|
30名まで
|
100円/1ユーザー
|
⭕️
|
10万社の導入実績
|
画像出典元：「ジョブカン勤怠管理」公式HP
導入実績6万社以上の実績をもち、1ヶ月間無料で試すことがきる勤怠管理システムです。
月額200円～のリーズナブルな価格設定でありながら、勤怠管理業務に必要な機能を自由に組み合わせて利用できるのが大きな魅力です。
組み合わせ可能な機能は、「出勤管理」・「シフト管理」・「休暇/申請管理」・「工数管理」の４つで、機能が一つ増えるごとに100円/月アップするという明確な料金体系です。
時間外労働や有給休暇の管理など働き方改革関連法にも対応でき、複雑な勤務体系やあらゆる雇用形態ごとの細かな設定ができる点が他社にはない魅力です。
・出勤管理：ICカードやGPSでの打刻が可能
・シフト管理
・休暇/申請管理
・工数管理：単独での利用は不可
10人以下の企業でも月額費用2,000円が発生するので、注意しましょう。
10人以下の企業向けに無料プランが用意されていますが、機能がだいぶ制限されます。（無料お試しとは別物）
| 初期費用 | 月額費用/ユーザー | 最低利用料金 | 無料お試し期間 |
| 0円 | 200円～ | 2,000円 | 30日間 |
IT/通信/インターネット
501人〜1000人
秒単位で業務時間を確認できる
大きくてわかりやすい表示だった。逆にこれで、「どこを押すのがわからない」とは言わせないほど文字表記が大きい。秒単位で時間が進むので、あとどれくらい働けばいいかがすぐわかった。全てパソコンで、自分で勤怠管理をするので、とても便利だと思った。
輸送/交通/物流/倉庫
501人〜1000人
残業時間を随時把握するのが難しい
修正が簡単にできてしまうので、残業時間などを短く修正することなども出来てしまい、良くないと感じていた。残業時間を随時把握することは難しく、規定の時間まで到達してしまってから表示される形式だった。
画像出典元：「CLOUZA」公式HP
CLOUZAは初期費用ゼロで、費用は打刻した人数分だけしかかからないので、費用を抑えたい中規模会社や、アルバイトが多い職場には最適です。
打刻や確認の操作が簡単なので、マニュアルなしでも使いこなせると評判です。
また打刻方法は、スマホなどを利用した移動型と設置型の2種類から選べるのでオフィスワークだけではなくレストラン業や製造業などあらゆる業界に対応できます！
・シフト管理機能
・外部ソフト連携機能
・GPS機能
・在宅勤務管理機能
・アラート機能
初期費用0円、月額費用200円/ユーザーの料金形態です。
30日間の無料お試しが可能、操作の簡単さが体感できます。
IT/インターネット/通信
1001人以上
位置情報が共有される
位置情報も共有されるため、どこで出退勤が行われたかを管理者の方で後追いすることが可能。ある日、勤務後に一緒に食事を行くことになった同期が、その日の退勤登録を済ませていなかった。食事中にCLOUZAアプリを利用し、退勤登録をしていたが、後で位置情報が本社に伝わり、正確な時間に修正していた。
エネルギー
31人〜50人
変則的な勤務スタイルの職員の勤怠管理には不向き
基本勤務体制であれば管理はしやすいのですが、フレックス制や時短勤務など、変則的な勤務スタイルの職員の勤怠管理は少々複雑で手間が発生しました。どんな勤務状況でも同等の手間で管理できれば、もっとやりやすくなると感じました。
画像出典元：「マネーフォワード クラウド勤怠」公式HP
働き方改革関連法への対応に力を入れた勤怠管理システムで、複雑な雇用形態や勤務体系に対応できるのが特徴です。
シフト制や裁量労働制、フレックスタイムなど、さまざまな就業ルールが混在する勤務体系や煩雑なシフト管理にも対応が可能。
また、残業申請や有給休暇申請など上司の承認を必要とする申請業務のワークフロー化が可能だったり、給与計算ソフトから簡単にデータを移行できたりするなど、人事管理全体の業務の効率化も狙えるでしょう。
同社が提供するマネーフォワード クラウド給与となら、自動集計したデータをワンクリックで連携させることが可能なので、給与計算業務の負担を軽減することもできます。
・勤怠チェック
・さまざまな雇用形態に対応
・シフト管理
・有給休暇管理
・ワークフロー
・給与計算システムとの連携
マネーフォワード クラウド勤怠の料金は、初期費用・基本料金・超過利用料金からなります。
利用人数に応じて変わり、一人あたりの単価は月額300円です。
詳細は資料をダウンロードしてご確認ください。
また、関連するサービスである、クラウド給与は1従業員あたり月額300円、クラウド人事管理は1従業員あたり月額600円、クラウドマイナンバー・クラウド年末調整などは月額100円なので、こちらも参考にすると良いでしょう。
医療
101人〜250人
勤怠関連の申請が1つのサイトでできる
有給申請も、サイトを経由して申請できたので楽だった。勤務に関する申請が1つのサイトでまとめて行えて、わかりやすくて便利。タッチするだけで打刻ができて、ストレスフリー。以前のシステムと比べ、出退勤の打刻がスムーズになったことにより、打刻待ちの時間が少なくなった。
小売/流通/商社
31人〜50人
アプリがないのでブラウザ立上げが面倒
モバイルサイト（アプリも）がないのでUI がスマホ最適化されておらず、日次勤怠画面がどうしてもスクロールが多くて苦労する。前職で使ったfreee人事労務はアプリがあって便利だったが、マネーフォワードクラウド勤怠はないので、毎度ブラウザを立ち上げるのが面倒。
画像出典元：「HRMOS勤怠」公式HP
登録社数は10万社を超え、月額100円から利用できる勤怠管理システムです。
アカウントを作成すればすぐにその日から利用できる手軽さが魅力です。
出勤や退勤の打刻もLINEやSlackから可能で、遅延証明書や診断書の写真の添付もかんたん。API機能により給与計算ソフトとの連携が可能であったりするなど、シンプルながらも便利な機能が充実しています。
有料プランなら、新労働基準法に対応した残業管理レポート機能などが充実しているので、働き方改革関連法への対応も安心です。
・スマートフォン完全対応
・出退勤の打刻がLINE・Slackから可能
・遅延証明書や診断書の写真添付機能
・新労基法に対応
・社員へのお知らせ機能
・給与ソフトとの連携機能
| 初期費用 | 月額費用/ユーザー | 最低利用料金 | 無料お試し期間 |
| 0円 | 100円〜 | 設定なし | 〇 |
・無料プラン：30名以下での利用（一部機能制限あり）
・有料オプション機能「有給休暇管理・届出申請 など」：一人あたり月額100円
IT/通信/インターネット
31人〜50人
Slackとの連携が非常に便利
Slackと連携して出退勤を押せるので楽。残り有給日数やボーナスなどが見やすい。出退勤を押し忘れたとしても、自動的に8時間の勤怠入力を行ってくれる。休憩の入力を押し忘れていたとしても、自動的に勤務時間の真ん中に1時間分休憩を入力処理してくれる。
IT/通信/インターネット
501人〜1000人
管理する側はエラーのチェックが大変
申請をしてから承認されるまで2～3日時間がかかる。間違っていればもっとかかるし、管理側はエラーチェックが大変。残業が許可制だったり、出勤時間が固定でない場合（こちらも許可制）の場合は、申請する、承認するといった手間が増えるためおすすめできない。
画像出典元：「KING OF TIME」公式HP
「KING OF TIME」は、様々な就業ルールに対応できるクラウド勤怠管理・人事給与システムです。
残業基準の設定、アラート機能、申請承認機能、海外対応まで豊富な機能が備わっています。
さらに指静脈打刻・指紋打刻・指ハイブリッド認証打刻・顔認証など、18もの打刻方法を選べます。
東京ガスグループやmercariなど様々な業界で利用されていますが、医療業界でも多数の導入実績があります。
登録した人数ではなく、その月に打刻利用があった人のみが課金対象となります。
| 初期費用 | 月額費用/ユーザー | 最低利用料金 | 無料お試し期間 |
| 0円 | 300円〜 | 設定なし | 30日間 |
外国人を含む1650名超の社員を2人で管理できています。昨年行ったUI変更により、感覚的に使い方がわかるようになっているので問い合わせが減りました。
（IT関連：従業員1,000人以上）
リモートワークにも対応していて、オンラインで1クリックするだけで、出退勤できるので今のご時世には便利です。Windowsなら利用できるけれど、Macだと利用できない機能があるので、改善されるとよいです。（IT関連）
＊引用元：「KING OF TIME」公式HP参照
KING OF TIME 含む資料を一括DL
画像出典元：「freee勤怠管理Plus」公式HP
「freee勤怠管理Plus」は、勤怠管理をペーパーレス化し、転記や集計などにかかる業務負荷を減らすことで管理を効率化できる勤怠管理システムです。
従業員と管理者、どちらにとっても使いやすいところがfreee勤怠管理Plusの大きな魅力。
打刻画面はパソコンでもスマートフォンでも同じUIで、迷わず打刻できます。
管理者は、タイムカード風の管理画面から、従業員の打刻履歴や残業時間、有休日数をスムーズに確認・打刻修正/残業届等手間のかかる手続もWebで完結できます。
クラウド会計ツールで有名なfreee株式会社が提供するサービスで、運用実績も豊富なので安心して利用できるでしょう。
freee勤怠管理Plusの料金プランは1種類のみで、初期費用不要で利用できます。
1ユーザーごとに料金が加算される従量課金のシンプルな料金体系です。
| freee勤怠管理Plus | |
| 初期費用 | 0円 |
| 月額費用 （税表示なし） |
300円 |
| 追加オプション | なし |
| ユーザー数 | 1ユーザー |
画像出典元：「Akerun勤怠管理」公式HP
導入実績7,000社を超える「Akerun」は、入退室の履歴を管理できるクラウド型サービスです。
Akerun勤怠管理連携機能では、API連携により入退室データの勤怠管理が可能。
打刻時間の不正防止、正確な勤務時間の把握も可能となり、効率的な労務管理が実現します。
Akerunでは、様々なオフィス向けソリューションと連携しているため、その汎用性は企業からの高い支持に繋がっています。
Akerunは導入時の初期費用がかからず、月々の支払いだけで利用が可能です。
設置場所、台数、期間や用途によっても料金に差が出てくるので、まずは見積もりを依頼してみましょう。
| Akerun Pro | Akerun コントローラー | |
| 初期費用 | 0円 | 要問い合わせ |
| 月額費用 （税表記無し） |
17,500円 | 要問い合わせ |
| ユーザー数 | 要問い合わせ | 要問い合わせ |
※勤怠管理システムの導入費用は、別途必要となります。
「勤怠Reco」はSBIグループが提供する低コストのクラウド勤怠管理システムです。
自社で勤怠管理サーバを立ち上げた場合と比べても、他のクラウド勤怠管理システムと比べても、ひとり月額110円換算で導入できる点は費用対効果が高いです。
難しい機能は詰め込まずに、基本的な操作で誰でも利用できる点に注視しており、全業種で利用できる勤怠管理システムです。
導入サポートを受ける場合には、別途費用が必要です。
| 初期費用 | 月額費用/ユーザー | 無料お試し期間 |
| 0円 | 110円 （10ID単位でのお申し込み） | 要問合せ |
「勤怠Reco」により、技術やノウハウを活用することで、顧客ニーズに応える付加価値の高いサービス提供と販売地域を全国に拡大することが可能となります。（金融業：従業員300人以上）
＊引用元：「勤怠Reco」公式HP参照
勤怠Recoの特徴・評判・口コミ・料金を徹底解説！
この記事では勤怠Recoの評判や口コミ・特徴・料金や価格などをご紹介していきます！
画像出典元：「TIMEVALUE」公式HP
TIMEVALUEはSaaS型の勤怠管理システムです。
PC・スマートフォン・タブレットの他に、FeliCaカードやQRコードでも出退勤の打刻が可能です。簡単に集計できるので、管理者にとっても使いやすいです。
インターネットに接続できる環境であれば、PCやスマホを利用して初期費用なしですぐに利用開始可能。最短翌日に利用開始できます。
| 初期費用 | 月額費用/ユーザー | 最低利用料金 | 無料お試し期間 |
| 0円 | 290円 | 3,000円 | 30日間 |
30日間の無料トライアルがあります。
画像出典元：「ジンジャー勤怠」公式HP
ジンジャー勤怠は、多彩な機能全てを月400円/1ユーザーで利用できる費用対効果が高い勤怠管理システムです。
オプション費用は一切発生しません。
生体認証で打刻できる機能を搭載しており、非接触による顔認証システムで、勤怠打刻と温度検知を同時に実施できます。
従業員のコンディションを管理する機能が搭載されているので、アルバイトやパートで働くスタッフが多い企業には特におすすめです。
ジンジャー勤怠の料金は、利用するサービスごとに異なります。
| 初期費用 | 月額費用/ユーザー | 最低利用料金 | 無料お試し期間 |
| 要問い合わせ | 300円〜(税別) | 設定なし | 1ヶ月 |
画像出典元：「SmartWorker」公式HP
「SmartWorker」は、変形労働時間制を採用している企業におすすめの勤怠管理システムです。
単なる打刻（入出退勤）管理としての勤怠システムではなく、人時生産性を意識しながら柔軟なシフト計画を組んだり残業時間の管理が可能なので、限られた人材で効率的な働き方ができるようになります。
入出退勤機能以外にも管理機能が充実しているのが魅力。
パッケージに合わせた運用を強いるようなシステムではなく、利用者のニーズを満たすカスタイマイズなど、柔軟性に対応してくれます。
企業規模や目的に合わせた見積もりが必要となるため、詳細については問い合わせをする必要があります。
画像出典元：「ミナジン勤怠管理」公式HP
ミナジン勤怠管理は、作業をラクにするにするだけでなく、「労務管理をちゃんとする」ことをサービスビジョンに掲げ、システム提供を行っています。
Mac、WindowsのPCログ取得、上書き防止やデータ保管期間永年など、上場審査にも耐えうる管理が可能となっています。
初期システム設定の代行や、特殊な就業ルールなど幅広いサポート体制を構築しており、IPOを目指している、コンプライアンス体制を確立したい、システム導入・運用に失敗したくない、そんな企業におすすめできる勤怠管理システムです。
| 初期費用 | 月額利用料/～30人 | 初期設定代行費用 | 無料お試し期間 |
| 無料 | 30,000円（税抜）〜 | 100,000円（税抜）～ | 30日間 |
※31名以上利用の場合は、月額：300円/人が必要です。
※PCログは一人当たり200円で利用できます。
画像出典元：「VP-II X」公式HP
「VP-II X」は、株式会社SYNCHROが提供する高精度の手の甲静脈認証技術を活用した入退室管理システムです。
最大50,000人のユーザーを登録可能で、認証精度は99.9999%を誇ります。
また、PC接続なしで最大64台まで、PC接続で理論上無制限の接続が可能です。
入退室管理に加え、勤怠管理や決済連携も対応しており、幅広いニーズに応えます。
システムは、共連れを防ぐアンチパスバック機能や、緊急時の通報機能も備えています。
「VP-II X」の料金プランの説明は公式HP上でありませんでした。
自社の環境にあわせてシステムを選択できるので、料金などの詳細については一度相談すると良いでしょう。
「oplus(オプラス)」は初期費用、月額費用無料から始められる業界最安値のシフト管理・勤怠管理サービスです。
シフト作成・管理に関わる基本機能をスタッフ100名までなら全て月額無料で利用可能。
さらに、スマホ打刻や社員証打刻、勤怠管理機能もセットにすれば、月額200円/ユーザーで利用できます。
シンプルで直感的な操作で、管理者・スタッフ、共に使いやすいサービスです。
| 初期費用 | 月額費用/ユーザー | 最低利用料金 | 無料お試し期間 |
| 0円 | 200円 | なし | 無料デモツアーあり |
勤怠管理システムの比較検討に役立つ資料を無料配布中！
現在、起業LOGでは独自に実施した取材や口コミ調査などで分かった情報をまとめた、お役立ち資料を無料配布中です。
がもらえます！
中小企業では、会社によって就業規程が細かく設定されているケースが多いため、雇用形態や職種・役職によるルール設定など、設定項目を自社の就業規程にあわせてカスタマイズしやすいものがおすすめです。
また、勤怠管理システムには、標準的な勤怠管理機能が満遍なく備わっているサービスと、必要な機能だけを選択できるサービスがあるので、求める機能と予算に合ったサービスを選択するのがベストです。
導入前に、法改正による設定変更が行えるかを確認しておくようにしましょう。
勤怠管理システムは長期に渡り利用を続けていくものなので、勤怠管理業務に関する法改正が実施された場合でも、担当者の手間がかからぬよう、法改正による自動アップデートが可能なもの、またはカスタマーサポートで対応してもらえる会社がおすすめです。
また、従業員数が変動した場合でも迅速に対応するため、従業員規模にあわせた料金プランの変更が可能なシステムを選択しておけば安心です。
社会ではテレワークを推奨する風潮が強まり、在宅勤務者は確実に増えています。有休休暇や残業申請など、上司が出張・リモートワーク中であった場合にも迅速に対応できるよう、ワークフロー機能が搭載されているものがおすすめです。
また、遅刻や早退などの用途に応じてワークフローを設定できるシステムもあるので、合わせて選べば勤怠管理がぐっと楽になります。
勤怠管理システムを導入した際に、給与計算システムと連携できるものであれば勤怠管理業務とあわせて給与計算業務の効率化が図れて非常に便利です。
給与計算システムからのデータを簡単に移行できたり、逆に、集計した勤怠データを給与システムに取り込むことができたり、または、ワンクリックで給与システムと連携できたり、様々なタイプがあるので自社の状況・ITスキルに合わせて選ぶと安心です。
以下ではおすすめの給与計算システムについてわかりやすく解説していますので、ぜひご覧ください。
労働時間を短縮し女性やシニア層が働きやすい環境を目指す、フレックス制や在宅ワークを普及させ様々な労働形態を推奨する…など労働スタイルの多様化が進んでいます。
勤怠管理システムを導入すれば、法改正にも迅速に対応でき、時間外労働の状況をリアルタイムに把握し警告を出すことができるので、ペナルティを受ける事態を回避できます。
また、働き方改革関連法によりこれから増えていくであろう年金を受給しながら働くシニア層や一日数時間在宅で勤務するテレワーカーの給与管理など、新たな雇用形態の管理にも対応できるので心強いです。
例えば、書類の印刷費用や支店から本社へのタイムカード郵送費用や関連作業にまつわる人件費など、現状がアナログであればあるほど、削減できるコストの可能性は広がります。
ペーパーレス化を進めることで、無駄な経費削減も可能なので、導入費と削減できるコストの採算を見積もってみることをおすすめします。
この先数年単位で続くと言われているwithコロナ社会、不安定な雇用状況が続くことが懸念されています。ただ、現在一時的に従業員数が減少している企業も、コロナ禍が去り社会が正常化すれば、従業員が一斉に戻ってくる事態も考えられるのです。
勤怠管理システムを導入しておけば、そのような人員の増加によって業務量が左右されないので安心です。
今回紹介した勤怠管理システムは、どれも操作性の良いシステムですが、それでも新しいシステムを導入する際には混乱がつきものです。
特に、普段ITツールを使い慣れていない従業員が多くいる場合は、操作に慣れるまで丁寧なサポートが必要です。
例えば、LINEやSlackでの勤怠打刻機能を備えたツールなら、LINEやSlackのインストールから面倒をみてあげる必要があるかもしれません。操作に慣れるまでのサポートの負担もよく考え導入を検討しましょう。
APIを用いての他システムとの連携など、専門知識のない担当者には難しい設定が必要な場合があります。
従業員のITスキルやITリテラシーを事前に精査し、必要なサポート体制を整えてからの導入をおすすめします。
今回ご紹介した勤怠管理システムを導入すれば、法改正や従業員規模の変化にも安心して対応することができます。
また、承認業務のワークフロー化により人事一連の作業効率化も狙えるでしょう。
勤怠管理システムを活用してみたいと考えている企業は、ぜひ今回紹介したツールを始めとした勤怠管理システムの導入を検討してみることをおすすめします。
画像出典元：O-dan
