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年末調整でマイナンバー記載が必要な書類は？年末調整システムを活用へ

記事更新日: 2026/03/09

執筆: 編集部

この記事では、会社が国や市区町村に提出する年末調整でマイナンバーの記載が必要な書類を説明します。

年末調整は、従業員の個人情報を扱う重要な責任と書類によって記載事項が異なる業務的負担など、毎年会社が大変な仕事です。

さらに、マイナンバーは会社に厳しい管理義務があります。

年末調整は、業務の効率化やマイナンバーの管理体制を見直す機会です。

年末調整システムやマイナポータルなど年末調整のデジタル化を検討しましょう。

1.
マイナンバーを記載する年末調整の書類
2.
従業員が年末調整でマイナンバー記入が必要かは「会社に確認」
3.
マイナポータルを活用
4.
おすすめの年末調整システム3選
5.
まとめ

マイナンバーを記載する年末調整の書類

年末調整では会社側もいくつかの書類を作成し、それを税務署や市町村に提出します。

マイナンバーを記載する書類は下記の通りです。

源泉徴収票

源泉徴収票へのマイナンバーの記載は提出先ごとに以下のように分けられます。

提出先	マイナンバーの記載
税務署	必要
給与受給者(従業員)	不要

給与支払報告書

給与支払報告書は市区町村に提出しますが、それぞれにマイナンバーが必要です。

給与支払報告書(総括表)に記載するマイナンバー

給与支払者が法人の場合は法人番号
給与支払者が個人事業主の場合はマイナンバーが必要

給与支払報告書(個人別明細表)に記載するマイナンバー

従業員のマイナンバー
被扶養者のマイナンバー
給与支払者のマイナンバーもしくは法人番号

支払調書

支払調書を税務署に提出する場合は、前もって支払いを受ける側にマイナンバーの提出を求めておく必要があります。

書類	内容	マイナンバー
報酬、料金、及び賞金の支払調書	弁護士や税理士などに対する報酬、作家やデザイナーに対する原稿料やデザイン料、講演者への講演料などを支払った場合に作成する 1年間で5万円を超える金額が提出範囲	報酬や料金を受け取る側のマイナンバーが必要
不動産の使用料等の支払調書	家賃や地代など不動産への賃借料を支払っている場合に作成する同一人に対する1年間の使用料が15万円を超える場合に提出	不動産の使用料等の支払いを受ける側のマイナンバーが必要
不動産等の譲受けの対価の支払調書	不動産等を購入した場合に作成する同一人に対する1年間の支払金額が100万円以上の場合に提出	不動産等の譲受けの対価の支払いを受ける側のマイナンバーが必要
不動産等の売買又は貸付けのあっせん手数料の支払調書	不動産等の売買又は貸付けのあっせん手数料の支払いをした場合に作成する同一人に対する1年間の支払金額の合計が15万円以上の場合に提出	不動産等の売買又は貸付けのあっせん手数料の支払いを受ける側のマイナンバーが必要

従業員が年末調整でマイナンバー記入が必要かは「会社に確認」

国税庁は控除申告書へマイナンバーを記入してもらう事を基本しています。

しかし「給与支払者が従業員等のマイナンバー（個人番号）等を記載した一定の帳簿を備えている場合には、その帳簿に記載されている方のマイナンバー（個人番号）の記載を要しない」とも説明しています。

一定の帳簿とは、下記の申告書を元に作成されたマイナンバー帳簿を指します。

給与所得者の扶養控除等申告書
従たる給与についての扶養控除等申告書
給与所得者の配偶者控除等申告書
退職所得の受給に関する申告書
公的年金等の受給者の扶養親族等申告書
所得金額調整控除申告書

「去年と同じ会社で年末調整をする従業員」や「入社時にマイナンバーを会社に申告している」などが記入不要の対象となります。

従業員から質問があった際は、一定の帳簿の条件に当てはまっているか確認が必要です。

参考：国税庁「源泉所得税関係に関するFAQ」

年末調整がまるわかり！2020年の改正点とは？おすすめシステムも

年末が近づくと、年末調整によって、従業員の所得税などの過不足金を調整します。年末調整のためには控除申告書を作成・提出する必要がありますが、必要書類やその手順はどのようなものなのでしょうか。

マイナポータルを活用

マイナポータルを活用すれば、従業員が年末調整申告書のデータ作成の際に、保険料控除等で使用する控除証明書などのデータを、マイナポータル経由で一括取得し、年末調整ソフトなどに自動入力することが出来ます。

画像引用元：「国税庁　年末調整手続きを電子化する企業の従業員の方へ」

従業員も会社側も年末調整を紙で提出する手間がなくなり、自動集計により業務の効率化が図れます。

	マイナポータル連携導入前	マイナポータル連携導入後
従業員	保険料の控除証明書を郵送で受け取る控除証明書を保管控除証明書を紛失した場合は再発行の依頼	控除証明書はデータで一括取得
従業員	控除申告書は手作業で作成	控除申告書に自動入力
年末調整担当者	従業員から提出されたすべての控除証明書などのチェック・書類の保管	検算などの作業の簡素化・書類の保管が不要

(参考：国税庁「年末調整手続の電子化に向けた取組について（令和２年分以降）」）　

おすすめの年末調整システム3選

	初期費用	月額費用	無料お試し	機能
オフィスステーション	11万円	46円/人	30日間	操作が簡単
マネーフォワードクラウド年末調整	0円	基本料金2,980円～+100円(6名以上)	1ヶ月	充実したサポート体制
ジョブカン労務HR	0円	有料プラン400円～/人	30日間	低コストで使いやすい

操作が簡単で顧客満足度が高い！『オフィスステーション』

画像出典元：「オフィスステーション」公式HP

特徴

オフィスステーションは、労務手続き・年末調整・給与明細・勤怠・有休管理など、人事労務のあらゆる業務を効率化するクラウド型人事労務システムです。

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料金プラン

オフィスステーションの料金体系は、「製品ごとの月額利用料」と初回契約時の「登録料110,000円（税込）」で構成されています。

また、すべての製品を無料トライアルで30日間試すことができ、トライアル期間中に登録したデータは、本契約へ移行する際にそのまま引き継ぐことができます。
※「オフィスステーション Pro」のみ、無料トライアル期間は14日間

	製品利用料 (従業員1名あたり)	最低利用金額
オフィスステーション労務	440円	4,400円 (従業員数が10名以下の場合、一律)
オフィスステーションタレントマネジメント	550円	5,500円 (従業員数が10名以下の場合、一律)
オフィスステーション年末調整	46円	11,000円 (従業員数が20名以下の場合、一律)
オフィスステーション勤怠	330円	3,300円 (従業員数が10名以下の場合、一律)
オフィスステーション給与	440円	4,400円 (従業員数が10名以下の場合、一律)
オフィスステーション給与明細	33円～	1,100円 (従業員数が20名以下の場合、一律)
オフィスステーション有休管理	110円～	1,100円 (従業員数が10名以下の場合、一律)
オフィスステーションマイナンバー	33円～	3,300円 (従業員数が100名以下の場合、一律)

※税込

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オフィスステーションとは？評判・料金を解説！

この記事では、オフィスステーションの評判や口コミ・特徴・料金を紹介していきます！

クラウドで紙のいらない年末調整！『マネーフォワードクラウド年末調整』

画像出典元：「マネーフォワードクラウド年末調整」公式HP

特徴

マネーフォワードクラウド年末調整は、web上での書類配布、入力・回収・進捗確認・差戻、提出（e-Tax、eLTAX 連携による電子手続）に対応しており、従業員も労務担当者も煩雑になりがちで面倒な年末調整業務が、Web上でかんたんに行うことが可能です。

また既存の給与計算ソフトはそのままに、年末調整部分だけクラウド化（電子化）することもでき、大変便利なサービスです。

機能

＜年末調整機能の詳細＞

・従業員情報登録
・年末調整計算の対象者を一元管理
・従業員情報の更新状況を一元管理
・年末調整計算の進捗状況を一元管理
・年末調整の精算月を選択可能
・給与等総額の自動集計
・各種控除額の自動計算
・年末調整の自動計算
・給与所得者の扶養控除等（異動）申告書出力
・給与所得者の保険料控除申告書出力
・源泉徴収簿出力